¡Hola Héctor!
Yo en su día también me encontré con un problema similar. Pienso justo al contrario: hacerlo en Javascript sería lo más elegante, pues te evitarías un PostBack (recuerda que todo tu código C# es server-side, mientras que Javascript es client-side) que tan molesto es al usuario de la aplicación.
Puedes tener un div oculto en la página, con texto y botones, y mostrarlo sólo cuando sea necesario hacer una confirmación. Si usas ASP.NET AJAX puedes quedar como un rey si usas el ModalPopup extender.
Por otro lado, CodeProject siempre esta al rescate y aquí podemos encontrar un server control para simular en WebForms los MessageBox que podemos encontrar en WinForms. Aunque desde mi punto de vista, la solución Javascript mola más :P